民國六十八年，三軍總醫院奉令改隸為國防醫學院之直屬教學醫院，為配合教學醫院醫療作業形態，乃由原屬內科學系之皮膚學科獨立為「皮膚科學系」，首任皮膚科主任為翁華銘教授。民國七十二年又奉令各教學單位之學系改稱為學科，自此稱「皮膚學科」。臨床單位亦由內科部獨立出來，改稱為「皮膚科部」。本科部除擔任教學、研究及臨床外，並作有計劃的訓練皮膚科專科醫師，使基礎與臨床醫學相互配合應用，培養專業人材。

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